La microscopía electrónica de barrido permite la observación y caracterización de materiales orgánicos e inorgánicos en escalas nanométricas y micrométricas; además de tener la capacidad de obtener imágenes tridimensionales de superficies en un amplio rango de materiales. El mayor uso de la microscopía electrónica de barrido es el de obtener imágenes topográficas a muy altas magnificaciones.

En CYTI se cuenta con un microscopio electrónico de barrido marca Carl Zeiss modelo EVO MA15 para realizar los análisis con esta técnica.